公司人力成本包含单位缴纳的员工工资、社保等，那么用人机构是否有代扣代缴？公司的员工，缴纳社会保险费的同时又承担了应纳税额的一半，那么是否可以直接扣除呢？对于这个问题，可以根据实际情况去操作。如果是按照个人所得税自行申报或者是税务统一代扣代缴了人力成本的话，不需要再缴纳个人所得税。但是员工在工作期间是否有福利费、奖金、加薪等收入属于个人经营所得可以按照规定扣除。

1、可以按照个人所得税自行申报或者税务统一代扣代缴了人力成本。

例如员工一个月内工作三天以内工作五天的，不需要缴纳个人所得税。员工工作满两年，按照个人生产经营所得减除费用6万元（不含年休假工资、奖金、津贴和补贴),减除费用6万元后的余额为20000元。对于公司员工，如果一个月内公司内发放福利时有5000元的个人所得税的所得，在扣除完相关费用后余额为10000元。

2、根据新个人所得税法规定，不能按月扣社保的，但是可以不代扣代缴工资、薪金所得个人所得税即可。

需要注意的是，社保缴费和工资薪金所得是分开计算个人所得税的，所以企业如果不代扣代缴工资薪金所得个人所得税，但是员工在工作期间有福利费、奖金、加薪等收入是属于个人经营所得或者劳务报酬所得可以按照规定扣除。如果单位在发放的时候只扣除了个人经营所得或者劳务报酬所得个人所得税，那么公司还是需要进行申报缴纳个人所得税的。对于员工来说，也可以通过享受政府的各项优惠政策进行抵扣相关费用。例如年终奖，公司为单位员工发放年终奖时，一般情况下是不需要缴纳工资薪金所得个人所得税的。

3、社保是员工基本的保险，用人单位只缴纳了五险一金。

在社会保险缴费基数上，按照企业职工工资总额的50%核定。按照《企业职工基本养老保险办法》规定，在本办法实施前已按规定参加基本养老保险并足额缴纳基本养老保险费的企业职工，可在基本养老保险缴费基数上下限标准之间自行选择。即：本办法实施后，参保人员个人缴费部分可在本单位工资总额基数上下限之间选择。由此可看出，在该公司缴纳社会保险费时是符合规定条件的。

4、那么在这种情况下会发生人力成本吗？

答：不会。按照《企业所得税法实施条例》第三十三条规定，工资薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红或者其他工资，以及与任职或者受雇有关的其他所得。上述收入属于个人经营所得的一种情形，因此在实际工作中会发生收入费用。但是，对于上述收入能否扣除也是有一定规定的。根据《中华人民共和国个人所得税法》第四十六条第一款规定：个人所得是指以被扣缴义务人、代扣代缴义务人出具的凭证为证据证明应当纳未纳的税额。扣缴义务人代扣代缴税款后，余纳税款由个人或者扣缴义务人向税务机关办理退税。

5、如果是个人经营所得，按照规定可以税前扣除政策：

根据《国家税务总局关于个人取得经营所得有关个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）规定：个人取得所得（不包括劳务报酬、稿酬、特许权使用费),以及其从补税或滞纳金中扣除合理成本费用后的余额，为应纳税所得额。个人因从事生产经营活动获得的劳务报酬类收入。扣除项目包括工资、薪金、奖金、津贴、补贴、加班费、绩效工资等7项。具体细则由国务院税务主管部门规定。

6、员工缴纳社保的同时又承担了应纳税额的一半，那么就应该是工资薪金所得，属于可以享受个人所得税优惠政策了。

关于企业福利费如何缴纳个人所得税，《关于印发〈个人所得税专项附加扣除暂行办法〉的通知》（国税发〔1998〕121号）第一条规定：企业职工福利费支出，应按照下列规定执行：（一）按照工资、薪金所得项目计征个人所得税的，其应纳税所得额不超过1000元的部分，减按50%计入应纳税所得额，计算纳税。